Улучшение качества водных ресурсов – самая сложная задача, требующая больших финансовых затрат. До настоящего времени основные усилия сосредоточивались на уменьшении количества источников загрязнений. Результаты такой политики в Литве не дали ожидаемых преимуществ. Для того, чтобы улучшить качество водных ресурсов в стране необходимо сосредоточить правительственные усилия на управлении всей водной системой, источниках загрязнений, на всех процессах, которые определяют качество воды. Необходимо внедрять систему управления водными бассейнами.